Embora o PNSM contemple várias áreas de acção que vão desde a formação, à prevenção, tratamento e reabilitação, grande parte da operacionalização dos objectivos previstos nestas áreas de acção obrigam a uma coordenação apertada com outros departamentos do Ministério da Saúde. A componente assistencial, por exemplo, é da responsabilidade do Departamento de Assistência Médica e segue o modelo de cuidados previsto para as outras áreas da saúde: Cuidados Primários, Cuidados Secundários, Terciários e Cuidados Quaternários.
Os serviços de saúde de nível primário, são uma fonte importante de prestação de cuidados de saúde mental. Apesar da intenção de tornar acessíveis os cuidados de saúde mental a toda a população através da sua integração nos cuidados de saúde primários, o que se verifica ainda hoje é que grande parte da prestação de serviços de saúde mental está centrada nas zonas urbanas e nomeadamente em Maputo. Os quadros de saúde mental cobrem apenas cerca de 0,29% da população e a sua actividade ao nível dos cuidados primários resume-se apenas a uma consulta por semana em alguns Centros de Saúde de algumas capitais provinciais.
Ao nível secundário e terciário, em Maputo,os cuidados de saúde mental estão também limitados a uma consulta por semana nos três hospitais gerais: Mavalane, Chamanculo e José Macamo. Não há mais hospitais gerais no país e ao nível provincial, os cuidados de saúde mental estão integrados nos hospitais provinciais. Todos os hospitais provinciais têm pelo menos um técnico de psiquiatria. Ao nível rural apenas os hospitais rurais de Cuamba e Nacala Porto têm um técnico de psiquiatria e saúde mental.
Ao nível dos cuidados especializados (nível quaternário), há uma Enfermaria de Psiquiatria e consulta externa todos os dias da semana nos hospitais centrais de Maputo e Sofala. Há também dois hospitais psiquiátricos em Moçambique que datam ainda do período colonial, e que durante muitos anos, só providenciaram cuidados de natureza custodial.